ויזואליזציה מקבילית עם VisIt

תוכנת VisIt הנה תוכנת קוד-פתוח (Open-Source) מהמתקדמות והנפוצות ביותר בעולם כיום לוויזואליזציה של מידע מדעי, הן באופן סדרתי והן באופן מקבילי. התוכנה, מבית Lawrence Livermore National Laboratory, רצה על כל מערכות ההפעלה הנפוצות, ותומכת ברוב מוחלט של סוגי קבצי הוויזואליזציה הקיימים.

על מנת להשתמש בתוכנה בכל אופן כלשהו דרך שורת הפקודה יש ראשית לוודא כי בוצעו כל הצעדים המקדימים על מנת שניתן יהיה להעביר נתונים גרפיים דרך SSH (ראו מדריך גרפיקה דרך שורת הפקודה).

1) לאחר שבוצעו הצעדים לעיל, יש לגשת לשורת הפקודה (cmd) ולהריץ את הפקודה visit.

2) לאחר הלחיצה יפתח החלון הבא. יש לחכות עד סיום הטעינה.

3) מכאן והלאה השימוש בתוכנה הינו מותאם לצרכים וניתן למצוא פירוט נוסף בלינק הבא.

-------------------------------------------------------------------------------------

בדיאגנוסטיקות כבדות משקל, על מנת להגדיר את VisIt לעבוד באופן מקבילי על פני השרתים שבגריד, יש לפתוח את התוכנה כמתואר לעיל ולבצע את הצעדים הבאים:

1) בשורת האפשרויות נלחץ על Options ולאחר מכן על Host Profiles (או בקיצור Ctrl+H)

2) בחלון שיפתח נגדיר את ה-Host nickname להיות localhost, את שם המשתמש (Username) נגדיר לשם המשתמש שלנו (במקרה דנן, harell), ונסמן את אפשרות Use local machine name (ב-radiobox).

3) נעבור ללשונית Launch Profiles נלחץ על כפתור New Profile ונזין בתת-לשונית Settings את שם הפרופיל (Profile name) ל-Parallel.

4) לאחר מכן, נעבור לתת-לשונית Parallel, נסמן Launch parallel engine (ב-Radiobox), נזין בשיטת הריצה המקבילית (Parallel launch method) את שיטת salloc (המבצעת הקצאת משאבים במערכת SLURM), ונזין כמחיצה (Partition) את מחיצת normal.

בתת-הריבוע Defaults נגדיר את מספר הליבות להרצה (Number of processors) לסף התחלתי של 32 ליבות (קודקוד חישוב שלם), ואת מספר הקודקודים עליהם הם יתפרשו (Number of nodes) ל-1.

5) שימו לב! על מנת לשמור את הקונפיגורציה גם עבור הריצות הבאות הלאה, יש ללחוץ על לשונית Options בשורת האפשרויות, ולאחר מכן ללחוץ על Save Settings.

6) כעת, כאשר ברצוננו לפתוח קבצי דיאגנוסטיקה לוויזואליזציה מקבילית נלחץ על Open File ובחלון שיפתח נבחר בלשונית ה-Host את localhost או parallel שהוגדר לעיל. לאחר בחירה זו יפתחו הקבצים הנמצאים במיקום זה, וניתן לבחור מהם את הקובץ או הקבצים שברצוננו להציג.

7) עם פתיחת הקבצים יפתח חלון הקוניפיגורציה לריצה המקבילית (להבדיל מהצעדים הקודמים שאותם מבצעים אחת ולתמיד, חלון זה יפתח בכל גישה מקבילית על מנת לאפשר למשתמש לקבוע את משאבי המחשוב שברצונו להשתמש בהם). נשנה את הערכים (באם יש צורך) ונאשר בלחיצה על כפתור OK.

8) לרגעים ספורים יפתח חלון התחברות. באם החלון נעלם ללא התראת תקלה, הכל כשורה.

9) על מנת לוודא כי אכן הוקצו לנו המשאבים נוכל להביט חזרה בשורת הפקודה ולראות את שורת ההקצאה (Running: salloc...) ולאחר מכן האם ההקצאה אכן נתפסה (salloc: Granted job allocation).

10) כעת ניתן להציג את הוויזואליזציה (בהתאם לסוג הקובץ וסוג התצורה, ראו שוב במדריך למשתמש בלינק הבא).